Inspektorat Jenderal mempunyai tugas menyelenggarakan Pengawasan Intern di Kementerian Kesehatan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.

Dalam melaksanakan tugas, Inspektorat Jenderal menyelenggarakan fungsi:

1. Penyusunan kebijakan teknis pengawasan Itern di lingkungan Kementerian Kesehatan
2. Pelaksanaan pengawasan intern di lingkungan Kementerian Kesehatan terhadap kinerja dan keuangan melalui audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lainnya.
3. Pelaksanaan pengawasan untuk tujuan tertentu atas penugasan Menteri.
4. Penyusunan laporan hasil pengawasan di lingkungan Kementerian Kesehatan.
5. Pelaksanaan administrasi Inspektorat Jenderal.
6. Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Menteri.